生徒一人ひとりが興味・関心ある事柄を1年間に渡ってじっくり探究するのが自学自修プログラム。自分の意思で学んでいくことで、個性の伸長を図ります。先輩の優秀作品も参考にしながら自分のテーマを決め、研究の成果をレポートなどにまとめて発表します。独自の実験を行い検証した作品を提出したり、自ら足を運んで行った調査や研究の成果をまとめたりする生徒もいます。優秀者は表彰され、皆の前でプレゼンテーションを行います。

甲南にはさまざまな分野の第一線で活躍するOBがおり、その人材も豊富で幅広いネットワークがあります。そこで年2回OBを招き、いくつかのグループに分けてワークショップを開催。仕事のことはもちろん、中高時代に学んだことで社会に出てから役立ったことや、OBの方の甲南時代を熱く語っていただきます。実体験から来る話を耳にすることで、将来に向けての意識が高まります。

甲南の総合的な学習の時間「E-Study」は、新コース制の一期生からは、企業との協働により将来のキャリア・デザインを構築する「キャリア・スタディ」として進化しました。高校1年時にOB企業を訪問し、会社がどう動いているか、社会のニーズにどう対応し貢献しているか、商品や企画などがどう生み出されているかを学びます。また、企業から与えられた課題に対して企画・提案を行い、新たなものを創り出す力を養い、将来の職業観を具体的に描いていきます。

長期留学・短期留学・語学研修・クラブ間交流など、甲南では海外での体験を積む機会を数多く設けています。卒業を遅らせることなく（原級することなく）、1年間留学することができ、さまざまな文化にふれながら視野を広げる絶好の機会です。また、交換留学生も積極的に受け入れており、学校生活の中にも国際交流を始める環境があります。

中学2年生と3年生のフロントランナー・コースでは、「サイエンス・ラボ」と「グローバル・ラボ」の2つの特別授業が、年間を通してシリーズで用意されています。
サイエンス・ラボは、化学・生物・物理の３分野で実験・実習を行い、考察やレポート作成を通して科学的な思考力・考察力を身につけることを目的としています。
グローバル・ラボは、世界・平和・環境・歴史の４分野で生徒の知的好奇心を高め、多様な価値観や論理的思考力を身につけることを目的として行われます。

高二では科学的な思考力や考察力を基に、情報の活用および発信までを視野に、化学・生物・物理の大学３年生レベルの実験を実習し、その内容をレポートにまとめる事から始め、それらを発表する機会を設けて、成果物の完成を目指します。

法学、経済学、統計学、心理学、表現国語、カリグラフィ―ア－ト、スポ－ツトレ－ニングとして、科目の融合、大学での学びを週2時間の連続授業で先取りし体験します。専門性を有する本校教員に加え、甲南大学の教員、弁護士などの有資格者、企業からの実務家など、それぞれのスタッフが専門性を活かした探究型授業をおこない、高校、大学、企業が連携しての取り組みとなっています。また、ビジネスプランの外部コンテストへのエントリーや証券取引所、裁判傍聴、ゼミ見学などのフィールドワークもおこない、プレゼンテーションを始めとする主体的な学びを深めていきます。大学進学への目的意識の醸成や専門的研究への動機付けだけでなく、キャリアを始め自身の将来を考える機会ともなっています。