甲南学園は、神戸市東灘区岡本にある甲南大学と芦屋市にある甲南高等学校・中学校とからなっています。神戸市東灘区住吉にある甲南幼稚園・小学校は、現在では別の学校法人ですが、甲南学園の創立は、この甲南幼稚園・小学校に発しています。
1910（明治43）年、住吉村に移り住んだ関西の実業家の間で、私立の幼稚園および小学校を創設する計画が生まれました。田辺貞吉、才賀藤吉、平生釟三郎、阿部元太郎、小林山郷ら11人の実業家は、1911（明治44）年に幼稚園、1912（明治45）年に小学校を創設しましたが、まもなく財政難に陥いりました。このとき、平生釟三郎が、上記の人たちのほか、久原房之助、進藤嘉三郎らの援助をえて、これを軌道にのせました。
平生は、さらに安宅弥吉や伊藤忠兵衞らの協力をえて、1919（大正8）年に甲南中学校をいまの甲南大学の地に開校、1923（大正12）年には尋常科（中学）4年、高等科3年の7年制高等学校へと発展させました。甲南高等学校は、平生の教育理念にしたがって、優れた人材を世に送ることを第一義として、その目的を達するために「人格の修養と健康の増進を重んじ、個性を尊重し、各人の天賦の才能を引き出す」という教育理念を掲げ、生徒数を約500人にしぼる少数教育を実施しました。当時の官公立学校で見られた、知識詰め込みの画一教育に反対する教師たちが、このような平生の教育理念に賛同して集まり、甲南高等学校には、自由で活気のある教育が実現されました。卒業生の多くは旧帝国大学などに進学し、のちに学界、実業界などで活躍した人材を輩出、甲南高等学校の評価は高まりました。
他方、甲南学園の理事のひとり、安宅弥吉の尽力で、甲南高等女学校（現在の甲南女子学園）が1920（大正9）年に設立され、理事長と校長はそれぞれ、甲南高等学校の田辺貞吉、小森慶助が兼任して発足しました。甲南小学校の卒業生の男子は甲南高等学校の尋常科に、女子は甲南高等女学校に、それぞれ無試験で入学し、一貫教育の実をあげました。現在、甲南学園と甲南女子学園、甲南小学校は、それぞれ独立した学校法人でありますが、創立当時からの親密な関係は現在にまで続いています。
さて、甲南高等学校は、第2次大戦後の教育改革のなかで、将来、新制高等学校の道を歩むのか、それとも新制大学への昇格を目指すべきであるのか、という重大な選択の岐路に立たされました。理事、教職員、学生、同窓生らの間での活発な論議を経て、結局、後者の大学への道をとることになり、初代学長に、京都帝国大学から著名な物理学者で、かつて甲南高等学校の教授をしたこともある荒勝文策を招きました。そして、1951（昭和26）年の大学開学後、しばらくは、大学と高等学校・中学校が同一のキャンパス内にあって、大学生と中高生がともに校庭を行き来していました。学生・生徒の増加に対応するために、中学校校舎、高校校舎（現在の西校舎）が新しく建設されましたが、なお狭隘であることに変わりはありませんでした。そのため、1963（昭和38）年、高等学校・中学校は芦屋に移転し、現在に至っています。

1918年(大正7年)

財団法人甲南学園私立甲南中学校の設立認可

1919年(大正8年)

甲南中学校開校、第1回入学式

1923年(大正12年)

財団法人甲南学園に改称、7年制高等学校を開校

1926年(大正15年)

校旗制定

1947年(昭和22年)

学制改革により新制甲南中学校を開校

1948年(昭和23年)

学制改革により新制甲南高等学校を開校

1950年(昭和25年)

私学法により、学校法人甲南学園と改称

1951年(昭和26年)

甲南大学を開学

1963年(昭和38年)

甲南高等学校・中学校、神戸市(岡本)から現在の芦屋市に移転

1964年(昭和39年)

甲南大学に大学院を設置
甲南高等学校・中学校新校舎竣工披露式挙行

1976年(昭和51年)

甲南高等学校・中学校講堂兼体育館焼失

1977年(昭和52年)

体育館再建、竣工式

1978年(昭和53年)

講堂竣工、同年10月「兵庫県文化大賞」を受賞

1991年(平成3年)

「フランス甲南学園トゥレーヌ」をフランス・パリ郊外に設立

1995年(平成7年)

「阪神淡路大震災」により、学舎校舎が崩壊・学園全体の被害甚大
甲南高等学校に理数コース設置・1学級増設

1997年(平成9年)

甲南大学・高等学校・中学校新校舎竣工

1999年(平成11年)

甲南高等学校、普通コースに文�T・文�Uコースを設置、理数コースとの3コース制開始
中学校に「情報活用」の授業開始

2000年(平成12年)

高校・選択授業に「総合学習」開始
イギリス「ダリッジ校」と姉妹校提携を結ぶ
オーストラリア・ブリスベンの「グレゴリーテラス校」と姉妹校提携を結ぶ

2002年(平成14年)

学校五日制に移行

2004年(平成16年)

高校理数・文�Uコース隔週土曜日授業開始

2005年(平成17年)

ニュージーランド「クライストカレッジ校」と姉妹校提携を結ぶ

2006年(平成18年)

中学校35人5クラス制開始
アメリカ・ハワイの「ル・ジャルダン校」と姉妹校提携を結ぶ

2009年(平成21年)

甲南学園創立90周年記念式典挙行

2010年(平成22年)

高校グローバル・スタディ・プログラム開始